药店的《药品经营许可证》在以下情况下会被注销：
有效期届满未换证：
根据《药品经营许可证管理办法》第二十六条，若《药品经营许可证》有效期届满未换证，则由原发证机关注销。
自行停业连续六个月以上：
根据《中华人民共和国公司法》第一百八十三条，若门店自行停业连续六个月以上，可以由公司登记机关吊销营业执照。
其他注销情形：
包括《药品经营许可证》被依法撤销、撤回、吊销、收回、缴销或宣布无效，以及不可抗力导致许可事项无法实施等。
综上所述，药店在以下情况下需要及时办理注销登记：
有效期届满未换证：在有效期届满前6个月内未申请换证的情况下，原发证机关会注销其《药品经营许可证》。
自行停业连续六个月以上：若药店自行停业超过六个月，公司登记机关可以吊销其营业执照。
建议药店在决定停业前，应仔细评估并了解相关法律法规，确保按照规定的程序和时间节点办理注销登记，以避免不必要的法律后果。
